Berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 012 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Perangkat Daerah Provinsi Kalimantan Selatan, Dinas Kesehataan Provinsi Kalimantan Selatan di pimpin Kepala Dinas yang dibantu oleh 1 (satu) Sekretaris dan 4 (empat) Kepala Bidang dan 5 (empat) Kepala UPT, terdiri dari:

• Sekretaris

1. Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan.
2. Sub Bagian Keuangan dan Aset.
3. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.

• Bidang Kesehatan Masyarakat

1. Seksi Kesehatan Keluarga dan Gizi.
2. Seksi Promosi Kesehatan, Pemberdayaan Masyarakat dan Kesehatan Jiwa.
3. Seksi Tata Kelola Masyarakat.

• Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit

1. Seksi Surveilans dan Imunisasi.
2. Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular dan Kesehatan Lingkungan.
3. Seksi Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Tidak Menular.

• Bidang Pelayanan Kesehatan.

1. Seksi Pelayanan Kesehatan Primer
2. Seksi Pelayanan Kesehatan Rujukan
3. Seksi Tata Kelola dan Mutu Pelayanan Kesehatan

• Bidang Farmasi dan Sumber Daya Kesehatan

1. Seksi Kefarmasian.
2. Seksi Alat Kesehatan dan PKRT.
3. Seksi Sumber Daya Manusia Kesehatan.

      Dinas Kesehatan Provinsi juga mempunyai Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang bertanggungjawab terhadap obat dan perbekalan kesehatan, krisis kesehatan, kebugaran masyarakat, laboratorium dan pelatihan petugas kesehatan dan pendidikan tertentu. UPT tersebut yaitu :

1. Instalasi Gudang Farmasi dan Perlengkapan Kesehatan (IGFPK).
2. Balai Kesehatan Olahraga Masyarakat (BKOM).
3. Laboratorium Kesehatan (Labkes ) Provinsi Kalimantan Selatan.
4. Balai Pelatihan Kesehatan (Bapelkes).
5. Unit Kewaspadaan dan Penanganan Krisis Kesehatan (UKPKK)